2010年10月江苏省农业科技自主创新资金管理系统正式启动。
江苏省农业自主创新资金支持围绕全省农业结构调整而开展的科研结构调整，新型学科建设，全面支持项目计划管理。主要包括：
（一）发布指南。省农科院、省财政厅公开征集全省农业科技需求及项目建议，于每年年初确定项目计划和支持方向，公开发布项目申报指南。
（二）项目申报。各单位根据每年的项目申报指南，结合本单位的实际情况进行申报。申报书必须提出项目具体目标、关键技术优势、项目执行基础、任务分解、承担单位和负责人基本情况、项目实施运行机制等。项目任务要避免重复、分散；对于具有产品目标和产业化前景的项目，应由企业牵头或必须有企业参与。
项目实行首席专家负责制，首席专家须在该项目研究发展领域内的权威，具备科学的态度及高度的责任心。
（三）项目评审。省农科院、省财政厅根据项目指南，对申报项目进行筛选、凝练、整合，组织专家对项目建议进行综合咨询。
（四）项目批复。根据专家评审意见，结合项目所属行业、实施地点、成果应用等特点，省财政厅会同省农科院下达项目和经费计划，并批复项目实施单位。
（五）签定合同。对批准立项的项目，项目实施单位必须与省农科院、省财政厅签订任务合同文本，作为项目实施过程中任务目标、经费使用、阶段考评、结题验收的依据。 合同签订后，省将在江苏省农业科技信息网、江苏农业网等媒体公布
